Ultimii ani ai domniei lui Cuza au fost apoi caracterizați prin adoptarea altor reforme, care în ansamblu s-au încadrat procesului de modernizare. A fost adoptat sistemul metric, a fost decretat Codul civil, s-au afirmat drepturile autocefale ale Bisericii române față de Patriarhia din Constantinopol, s-au luat măsuri contra jurisdicției consulare, s-a promulgat legea instrucțiunii publice, după ce, în iulie 1864, se crease Universitatea din București.

A fost înființată Școala de Poduri și Șosele (viitoarea Politehnică), au fost create Camerele de Comerț. S-au repus în vigoare taxele de export. Legea pentru consiliul permanent al instrucțiunii publice, ca și legea pentru contractarea unui împrumut de 158 de milioane destinat lichidării chestiunii mănăstirilor închinate, legea pentru numirea mitropoliților și episcopilor, legea pensiilor gradelor militare inferioare, introducerea monopolului tutunului, concesionarea căii ferate București-Giurgiu s-au numărat printre realizările anului 1865. În ansamblu, domnia lui Alexandru Ioan Cuza are o însemnătate primordială prin aceea că a pus bazele statului unitar, dar totodată și ale statului modern.

Reformele au avut și limite, unele au fost incomplete ori au trebuit îmbunătățite, dar oricum temeiurile României moderne și implicit ale României contemporane stau în perioada de aprigă înfruntare dintre nou și vechi, dintre forțele înaintate și cele conservatoare din anii 1859-1866. Reformele realizate în timpul ”domnului Unirii” au deschis drum larg mersului înainte națiunii române și au creat premise pentru viitoare împliniri.